扣人心弦的《血色星期一》第二部再次席捲而來。天才黑客高木藤丸（三浦春馬飾）這次又會遇到什麽棘手的問題呢？第一部的最後，藤丸和其朋友力輓狂瀾地阻止了病毒危機。而這次他們面臨的則是更加令人恐怖的核彈恐怖計劃。在病毒危機結束後兩年，受其影響的藤丸決定再也不碰電腦，可是他還是不能組織自己和朋友九條音彌（佐藤健飾）、高木遙（川島海荷飾）被捲入到新的計劃當中。載有核彈的飛機正在一點點向東京逼近，而東京的群眾卻毫不知情，為了避免東京遭受到核彈的重創，藤丸和音彌不得不繼續開始奮戰。而他們所面對的除了老對手折原瑪雅（吉瀨美智子飾）和神崎潤（成宮寬貴飾）外，還有許多新人。而結果究竟如何呢？