高中一年級學生·夜科揚羽，某天撿到了被遺棄在公共電話亭里的“紅色電話卡”。 幾天後，持有相同電話卡的青梅竹馬兼同學·雨宮櫻子失去了蹤影。 為了尋找她，揚羽聯系了傳聞中在全國範圍內制造連續“神隱”失蹤事件的黑幕——“秘密結社PSYREN”。 隨後，一場賭上性命的游戲開始了——
